Sans surprise, Réseau ferré de France (RFF) a été mis en examen, le 16 septembre 2014, pour "homicides et blessures involontaires" à l'issue d'une audition par les juges d'instruction du TGI d’Evry chargés de l'enquête sur la catastrophe de Brétigny. Convoquée le 18 septembre, la SNCF s’attend, à son tour, à sa mise en examen.

Dans un communiqué, RFF souligne que cette mise en examen ne concerne que la personne morale. L’entreprise explique qu’elle "pourra enfin avoir accès au dossier de l’instruction judiciaire, mieux comprendre les possibles raisons de l’accident afin d’éviter que cela ne se reproduise et ainsi participer ainsi à la manifestation de la vérité."

Le déraillement du Paris-Limoges avait fait sept morts et 171 victimes corporelles, le 12 juillet 2013 à Brétigny-sur-Orge. L’enquête des experts judiciaires avait conclu à un défaut de maintenance des voies. Ils affirment notamment que "la plupart des anomalies étaient connues de la SNCF ou de ses agents" sans qu’il ait été apporté une réponse adéquate.