L'indépendance entre le gestionnaire d'infrastructure et l'opérateur ferroviaire n'est pas garantie par la réforme entrée en vigueur au 1er janvier 2015, selon l'Autorité de la concurrence, qui a rendu, le 9 janvier, sur quatre projets de décrets d'application. Cet avis consultatif est soumis au Conseil d'Etat, qui a été saisi par le gouvernement, et doit rendre son avis sur les décrets d'application le 13 janvier 2015, a indiqué l'Autorité de régulation des activités ferroviaires (Araf).

Saisie par le gouvernement pour avis sur les projets de décret, l'Autorité de la concurrence "considère que l'équilibre souhaitable entre les deux objectifs que sont d'une part, l'intégration industrielle du nouvel ensemble, facteur d'efficacité économique, et, d'autre part, l'indépendance de la gestion des l'infrastructure, indispensable au développement d'une concurrence équitable, n'est pas atteint".

Ainsi, l'Autorité de la concurrence a émis quatre recommandations, et prévient qu'elle ne pourrait émettre un avis favorable sur ces projets de décrets que sur la base des modifications suivantes :

1) Renforcer les conditions d'indépendance de SNCF Réseau
"Le projet de décret relatif aux missions et aux statuts de SNCF Réseau doit interdire aux représentants de la SNCF au sein du conseil d’administration de SNCF Réseau de prendre part aux décisions touchant aux "fonctions essentielles" de gestion d’infrastructure."
"Le projet de décret sur l’indépendance des "fonctions essentielles" doit donner à la commission de déontologie un cadre d’action élargi et plus clair, en rendant obligatoires les saisines pour tout dirigeant ayant eu accès à des informations confidentielles et en prescrivant la motivation systématique des décisions qu’il prend."

2) Entourer la gestion des gares de voyageurs de véritables conditions d'indépendance
"Le projet de décret relatif aux missions et aux statuts de SNCF Mobilités doit préciser que la gestion des infrastructures que constituent les gares doit être exercée de façon totalement autonome des intérêts de SNCF Mobilités. L’Autorité recommande donc que les mesures d’indépendance entourant la mission confiée au directeur des gares et à la direction autonome des gares soient fortement renforcées, et contrôlées par l’Araf."

3) Clarifier le périmètre et les missions de l'Epic de tête
"Les missions de l’Epic de tête doivent être clarifiées, limitativement énumérées et définies de manière à interdire toute possibilité d’immixtion dans la gestion des infrastructures.Toute mutualisation au-delà du champ défini par la loi doit découler de la demande expresse de SNCF Réseau ou de SNCF Mobilités et surtout être adoptée sur avis conforme de l’Araf."

4) "renforcer les outils et les ressources du régulateur sectoriel", l'Araf
"L’Araf doit disposer de compétences plus étendues en matière de gestion des informations confidentielles, de contrôle des conditions tarifaires des prestations inter-Epic, et des conditions d’exercice des compétences dévolues à chacun des Epic afin de préserver l’équilibre des pouvoirs et des compétences souhaité par la loi. Elle doit aussi disposer des outils et des moyens nécessaires pour mener à bien ses missions."

En décembre 2014, l'Araf avait déjà rendu un avis défavorable sur trois décrets d'application, jugeant que "la nouvelle architecture du système ferroviaire pourrait "permettre à l’opérateur historique d’exercer sa capacité d’influence sur le gestionnaire d’infrastructure." Sa consultation publique montrait, également,  l'inquiétude des professionnels quant à l'indépendance de SNCF Réseau.

Enfin, en octobre 2013, l'Autorité de la concurrence avait jugé l'indépendance du futur gestionnaire d'infrastructure, SNCF Réseau, insuffisante vis-à-vis de l'opérateur historique SNCF. Celle-ci constate aujourd'hui que ses "préconisations touchant au rôle de l'Epic de tête dans le système ferroviaire, en termes de périmètre, de missions et de gouvernance n'ont pas été reprises".