L'accord trouvé entre la gauche et les écologistes en Île-de-France pour fusionner leurs listes au second tour comporte plusieurs dispositions concernant les transports. Parmi les mesures les plus importantes, la sortie du diesel par le biais d'une "prime à la casse sur critère social pour l'achat d'un véhicule moins polluant", "un an d'abonnement Navigo gratuit pour l'abandon d'un véhicule polluant", la création d'une "redevance poids lourds en transit" et un renforcement des aides pour la pratique du vélo.

Cet accord prévoit également la création de 10 000 emplois dans les transports (maintenance, sécurité, chauffeurs de bus) à financer avec une augmentation du versement transport (VT). Reste que cette augmentation doit avoir l'aval du gouvernement et du Parlement.

Par ailleurs, deux lignes du Grand Paris Express sont concernées par cet accord. : la ligne 18, sera "maintenue en transport lourd enterré (d'Orly) jusqu'à Saclay puis (transformée) en transport léger". Quant à la ligne 17, qui doit irriguer le triangle de Gonesse (20 kilomètres au nord de Paris) où doit s'implanter un immense projet de centre commercial et de loisirs EuropaCity porté par le groupe Auchan, "la région engagera une expertise propre et sera attentive à la préservation des terres agricoles".

Accord en Aquitaine et Pays de la Loire

En Aquitaine et en Pays de la Loire, le PS et EELV ont également conclu un accord d'entre-deux-tours, contrairement à la Bretagne où les deux partis n'ont pas réussi à se mettre d'accord.  

En Aquitaine, Alain Rousset a accepté – comme le lui demandait la tête de liste EELV Françoise Coutant – que le conseil régional cesse de financer les lignes à grande vitesse notamment Poitiers-Limoges. Alain Rousset qui rapporte Sud-Ouest "reste favorable aux LGV en général" considère que le programme actuel de financement de ces lignes "est à revoir. On ne peut plus s'appuyer sur les partenariats public-privé (…) Il y aura d'autres sources de financement que celles que nous avons connues."

En Pays de la Loire, PS et EELV sont tombés d'accord sur la gratuité des transports scolaires, qui figurait déjà dans le programme national du PS et pour la limitation du temps de transports des jeunes à 35 minutes. Les deux partis veulent également "développer les transports ferroviaires en accord avec la compétence régionale pour soutenir les transports urbains à Nantes, au Mans… grâce à l'investissement dans les étoiles ferroviaires". Figurent également comme priorité le  "combat pour le maintien des lignes menacées (Nantes-Quimper, Caen-Le Mans-Tours, Nantes-Bordeaux)", et la réouverture de certaines gares.

Robert Viennet